Kościół Franciszkanów należy do najstarszych ceglanych budowli Krakowa; zakon sprowadzono tu w 1237 roku. Po pożarze miasta w 1850 roku wnętrze wymagało pełnej odnowy i to zadanie przypadło Stanisławowi Wyspiańskiemu.
Artysta zaprojektował polichromię z motywami roślinnymi oraz zestaw witraży, wśród nich największy w kościele „Bóg Ojciec. Stań się”, umieszczony nad chórem. Witraż uchodzi za jedno z najważniejszych dzieł polskiej secesji i bywa uznawany za najlepszą pracę Wyspiańskiego w tej technice.
W krużgankach klasztornych zachowała się galeria portretów biskupów krakowskich, w części sięgająca XV wieku. Kościół leży przy Drodze Królewskiej, naprzeciw Pałacu Biskupiego, w którego oknie Jan Paweł II rozmawiał z wiernymi podczas pielgrzymek.
